Ақтоған орта мектебі 1938 жылы 3 жылдық бастауыш мектеп болып құрылды. Мектеп директорлығына Семёнов Ф.А. тағайындалып, онда 4 ұстаз жұмыс істеді.

1947 жылы КСРО Министрлері Кеңесі қабылдаған «Қазақ КСР-інде жоғары және орта білім беруді одан әрі дамыту шаралары» туралы қаулысына орай жоғары және орта білім беру жүйесіне бөлінетін қаржының молаюына байланысты 1948 жылы 4 жылдық бастауыш мектеп болып құрылды. Мектепті Керімбаев Бидәулет басқарып, ұстаздар саны 7-ге жетті.

Жалпыға бірдей міндетті жетіжылдық білім беру ісі 1949 жылы қайтадан қолға алынып, 1953 жылы 7 жылдық Жылқы зауыты орталау мектебі болып ашылып, ұстаздар саны 19-ға жетті.

1958 жылы орталау мектеп негізінде Ақтоған орта мектебі болып қайта құралғанда, 23 ұстазы бар мектепті басқару К.Синельниковке жүктелді.

1959 жылы Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі «Мектептің өмірмен байланысын нығайту туралы және Қазақ КСР-інде халыққа білім беру жүйесін одан әрі дамыту туралы» заң қабылдады.

Жаңа заң бойынша 1962-1963 оқу жылынан бастап жалпыға бірдей 8 жылдық білім беруге көшу, мектеп интернаттар жүйесін кеңейту шаралары көзделді. Мектепте оқушыларды еңбекпен араластыруға бағытталған шаралар жүргізілді.

1966-1974 жылдары Ақтоған орта мектебін Бөрібеков Мұратбек басқарды. Республикада жалпыға бірдей орта білім беруге көшу науқаны өріс алып, мектепте кабинеттік жүйені енгізу шаралары атқарылды.

Мектеп 1974 жылы жаңа ғимаратқа көшті. 1974-1976 жылдарда мектепті «Халықтар достығы» орденінің иегері және КСРО оқу ісінің үздігі Манапов Қырықбай басқарды.

1975 жылы Оқу ағарту министрі Ғ.Балахметов мектебімізде болды.

1976-1983 жылдар аралығында Эбауер А.Г. мектеп директоры болды.

1982 жылы Қазақстанның Россияға қосылуының 250 жылдығына орай мектебімізде КСРО мәдениет және әдебиет қайраткерлері Р.Гамзатов, Н.Михалков, Г.Хазанов және т.б. қонақтар болды.

1983-1986, 1996-1997 жылдарда мектепті Ы.Алтынсарин медалінің иегері Алтынбеков Рәтбек басқарды.

1984 жылы кезекті мектеп реформасының басталуына байланысты мектептің материалдық базасын нығайту, алты жастан бастап оқыту және жаңа пәндер енгізу, мұғалімнің беделін көтеру шаралары жүргізілді.

1986-1996 жылдары, 1998 жылдан 2012 жылға дейін мектеп басшылығын аудандық мәслихат депутаты, ҚР оқу ісі үздігі, «ҚР Тәуелсіздігіне-10 жыл», «ҚР Конституциясына-10жыл» мерекелік медалдарының, «Ы.Алтынсарин» төсбелгісінің, сол сияқты ҚР «Құрметті білім қызметкері» төсбелгісінің  иегері С.Ә.Өскенбаев басқарды.

2012-2013 оқу жылынан бастап мектеп директоры қызметін Рысқұлова Орындық Мутиевна басқарып келеді.

Бүгінде мектепте 104 мұғалім жұмыс істейді. ҚР білім беру ісінің үздігі – 10, білім министрлігінің Құрмет грамотасымен марапатталғандар – 7.

Білім және Ғылым министрлігінің №591 бұйрығы бойынша 1988-1996 жылдары мектебімізде оқушыларға эстетикалық тәрбие беру бағытында Республикалық эксперимент жүріп, оған Жамбыл педагогикалық институтының ғылым жөніндегі проректоры, профессор Ж.К.Боданов жетекшілік жасады. Осы эксперимент кезінде 5-7 сынып оқушылары үшін еңбек, сурет пәндерінен жаңа оқу бағдарламасы жасалынды.

Өскенбаев С.Ә. – осы бағдарлама авторының бірі. Сол сияқты бірнеше рет облыстық, аудандық іс-шаралар мектеп базасында өтті.

Білім беру ісіндегі қол жеткізген жетістіктері үшін Ақтоған орта мектебі 1988 жылы аудандық Құрмет тақтасына ілінді.

1990 жылы мектеп базасында еңбек пәнінен оқушылардың республикалық слеты өтіп, оған Қазақ КСР Оқу ағарту министрінің орынбасары А.Кубасов, Оқу ағарту министрлігінің еңбекке баулу бөлімінің инспекторы Е.Дунаев қатысты.

1991 жылы мектепте бейнелеу өнері пәні мұғалімдерінің Республикалық семинары өтті.

1992 жылы Ақтоған орта мектебінде облыстық білім басқармалары басшыларының Республикалық кеңесі өткізілді. Кеңеске ҚР Білім министрінің орынбасары Ш.Беркімбаева қатысты.

1998 жылы мұғалімдердің аудандық тамыз конференциясы мектеп базасында өтті.

3. 2-информатика, 1-математика, 1-физика, 1-химия, 1-биология сыныптары компьютермен жабдықталған.

Аудандық пәндік олимпиадаларда мектеп оқушылары жоғары білім көрсеткіштеріне қол жеткізіп, жүлделі орындарды иеленіп жүр:

2001-2002 оқу жылы – бірінші орын (26 жүлде)

2002-2003 оқу жылы – бірінші орын (25 жүлде)

2003-2004 оқу жылы – үшінші орын (22 жүлде)

2004-2005 оқу жылы – бірінші орын (32 жүлде)

2005-2006 оқу жылы – екінші орын (29 жүлде)

2006-2007 оқу жылы – екінші орын (26 жүлде)

2007-2008 оқу жылы – екінші орын (27 жүлде)

2008-2009 оқу жылы – екінші орын (28 жүлде)

2009-2010 оқу жылы – екінші орын (27 жүлде)

2010-2011 оқу жылы – екінші орын (22 жүлде)

2011-2012 оқу жылы – екінші орын (26 жүлде)

2012-2013 оқу жылы – екінші орын (23 жүлде)

2013-2014 оқу жылы – екінші орын (25 жүлде)

Облыстық пәндік олимпиадаларда мектеп оқушылары жоғары білім көрсеткіштеріне қол жеткізіп, жүлделі орындарды иеленіп жүр:

2005-2006 оқу жылы – үшінші орын (1 жүлде)

2006-2007 оқу жылы – үшінші орын (3 жүлде)

2007-2008 оқу жылы – үшінші орын (4 жүлде)

2008-2009 оқу жылы – үшінші орын (4 жүлде)

2009-2010 оқу жылы – үшінші орын (4 жүлде)

Ақтоған кешенді орта мектебі аудандық рейтинг қорытындысы бойынша:

2000-2001 оқу жылында – бірінші орын

2001-2002 оқу жылында – бірінші орын

2002-2003 оқу жылында – бірінші орын

2003-2004 оқу жылында – екінші орын

2004-2005 оқу жылында – бірінші орын

2005-2006 оқу жылында – бірінші орын

2006-2007 оқу жылында – бірінші орын

2007-2008 оқу жылында – бірінші орын алды.

2008-2009 оқу жылында – төртінші орын алды.

2009-2010 оқу жылында – бірінші орын алды.

2010-2011 оқу жылында – екінші орын алды.

2011-2012 оқу жылында – үшінші орын алды.

2012-2013 оқу жылында – бірінші орын алды.

2013-2014 оқу жылында – екінші орын алды.

Ақтоған кешенді орта мектебінде 38 пән кабинеті жұмыс істейді, оның 21-і паспортталынған.

2005 жылдың қыркүйегінде мектепте «Оқушылардың ғылыми-зерттеу жұмыстарын ұйымдастыру» тақырыбында облысты ғылыми-практикалық семинар өткізіліп, онда оқушылардың ғылыми-зерттеу жұмыстары талқыланды.

2005 жылы Ақтоған орта мектебі Республикалық «Таңдаулы ауыл мектебі» конкурсына қатысып, «ХХІ ғасырдың – таңдаулы ауыл мектебі» деп танылып, Бас бәйгені жеңіп алды. Бұл ұжымның үлкен жеңісі.

2005 жылы тамыз конференциясында мектеп директоры С.Ә.Өскенбаев Республикалық «Үздік сабақ» байқауының бас жүлдесін иемденді.

Сол сияқты ҚР Білім және ғылым министрінің Құрмет грамотасымен марапатталды. (2006 жыл)

«Қазақстан – 2030» стратегиялық бағдарламасында көрсетілген міндеттерді басшылыққа ала оырып, мектеп ұжымы салауатты өмір салтына ынталандыру жұмысын жүйелі атқарып келеді. Аудандық спорт мектебінің күрес және бокс филиалдары мен ат спорты мектебінде талабы таудай оқушылар денсаулығы мықты, қуатты және парасатты азамат, болашақ спортшы болуға дайындалады.

ҚР-ның Президенті Н.Ә.Назарбаев 2005 жылы Қазақстан халқына жолдауында айтылған елімізді көгалдандырудың «Жасыл ел» бағдарламасы аясында мектеп оқушылары 2275 түп жеміс ағаштарын және 8500 раушан гүлін отырғызды. Бұл игілікті іске мектеп ұжымы мен оқушылары белсене қатысып, білім ұясының маңайы саябаққа айналды.

2006  жылы  Ақтоған  орта  мектебі  Республикалық  «Бәсекеге  қабілетті  білім  мектебі»  байқауында  «Бәсекеге  қабілетті  ауыл  мектебі»  номинациясы  бойынша  Бас  жүлдені  жеңіп  алды.

2006 оқу  жылы  «Жасыл  ел»  мемлекеттік  бағдарламаны  насихатту  мақсатында  өткізілген  Республикалық  байқауда  жүлделі ІІІ-орынды иеленді.

2008  жылы  «Жасыл  ел»  мемлекеттік  бағдарламаны  насихаттау  мақсатында  өткізілген  Республикалық  байқауда екінші рет жүлделі  ІІІ  орынды  иеленді.

1981 жылы мектеп оқушыларының «Эдельвейс» еңбек және демалыс лагері ашылып, бау-бақша өсіру жұмысы қолға алынды. Жазғы каникул күндерінде еңбек пен демалысты қатар ұштастыруға мүмкіндік берген лагерь 1996 жылы оңтайландыру кезінде жабылды.

Бүгінгі шығармашылықпен жұмыс істейтін ұзтаздары мен дарынды оқушылары білім, ғылым, өнер және спорттық жарыстарда жүлделі орындардан жиі көрініп жүрген Ақтоған кешенді орта мектебінің шығар биігі, алар асуы әлі алда.